政府管理物流的部门主要包括以下几类：
交通运输主管部门
交通运输部：负责全国道路货物运输和货运站的管理工作，制定和执行物流行业的政策法规，监管物流市场，打击非法经营和不正当竞争行为，维护市场秩序。
地方交通运输主管部门：县级以上地方人民政府交通运输主管部门负责组织领导本行政区域的道路货物运输和货运站管理工作，具体实施物流管理工作。
商务部门
商务部门在物流行业的国家主管部门中扮演重要角色，主要负责物流行业的规划和政策制定，推动物流行业的发展。
工商部门
工商行政管理局负责市场监管和行政执法，对物流公司的注册、运营进行监督管理，确保物流公司合法经营。
税务部门
税务部门负责物流公司的税收征管工作，包括增值税、企业所得税等税种的征收和管理。
交管部门
公安机关交通管理部门负责道路交通安全管理工作，包括对物流车辆的管理和交通安全监管。
其他相关部门
政府采购部门负责监督和管理政府机构的采购活动，确保采购活动的公平、公正和透明。
相关部门还包括发展改革、规划、建设等部门，在物流基础设施建设和规划方面发挥重要作用。
综上所述，政府管理物流的部门涉及交通运输、商务、工商、税务、交管等多个方面，各部门之间协同工作，确保物流行业的健康、有序发展。
